پرونده ترور بوتو با همه پیچیدگی‌هایی که از ابتدا داشته برای همه به شکل معمای لاینحلی درآمده است. این پرونده لااقل در منظر افکار عمومی 3 متهم بیشتر نداشته است؛ متهمانی که هریک به نوعی از قتل بوتو سود می‌بردند.
1- طالبان: ننگ قتل بوتو آنقدر گران بود که جریان افراط پاکستان که همین 2 ماه پیش چیزی نمانده بود تا دولت پاکستان را ساقط کند و اصولا افتخاری هم جز کشتار ندارد هم جرات نکرد آن را گردن گیرد. با این حال دستگاه اطلاعاتی پاکستان همچنان معتقد است که پرونده ترور بوتو متهمی جز طالبان پاکستان و بیت‌الله محسود رهبر تحت تعقیب آن ندارد.
2- پرویز مشرف: ترور بوتو درست در همان زمان روی داد که مشرف، رئیس‌جمهوری بود. درگیری‌های چندماهه مشرف- بوتو بر سر بازگشت بوتو و تقسیم قدرت با مشرف به باور بسیاری از تحلیلگران زمینه را برای نارضایتی مشرف از بوتو فراهم کرد. حزب مردم( بوتو) و نواز شریف نه جریان افراط پاکستان را که شخص مشرف را عامل این قتل معرفی کردند؛ امری که مشرف بارها آن را تکذیب کرد.
عمر سیاسی پرویز مشرف، هم چند ماه پس از مرگ بوتو به اتمام رسید. قتل بوتو برای همه طیف‌های اپوزیسیون پاکستان به مفهوم پایان همه راه‌های مسالمت‌آمیز برای تقسیم قدرت با ژنرال بود.
3- آمریکا: بوتو اگرچه با حمایت آمریکا بر سر کارآمد اما به دلایل نامعلومی در یک ماه آخر عمر به نوعی ترجیح داد راهی را که به مصلحت می‌داند و نه لزوما پیشنهادهای طرف آمریکایی را دنبال کند.
استناد این ماجرا هم درخواست دیدار مقامات آمریکایی همچون ریچارد بوچر و جان نگروپونته از بوتو در 19 سپتامبر 2007 بود که توسط وی رد شد. سیمور هرش، خبرنگار معروف آمریکایی هم چندی پیش مدعی دخالت مستقیم دیک چنی، معاون ریاست‌جمهوری وقت ایالات متحده در پروژه ترور بی‌نظیر بوتو شد.
به ادعای هرش، چنی فرمانده عملیات ویژه مشترک بود و با استفاده از این یگان ویژه و سازمان اطلاعات مرکزی آمریکا (سی‌ای‌ای)، به نابودی دشمنان اقدام می‌کرد تا راه را به روی آمریکا هموار کند.
اگرچه پیش‌بینی درباره عملکرد و نتایج احتمالی کار این کمیته کمی زود است اما با نگاهی به روند تحولات 2 سال اخیر می‌توان حدس زد که کمیته تحقیق سازمان ملل به احتمال فراوان توجه خود را تنها بر 2گزینه نخست این ماجرا متمرکز خواهد کرد.
از سویی شاید ملاحظات دیپلماتیک و فشارهای وارده بر این کمیته در نهایت انگشت اتهام را به سوی تنها گزینه مطلوب همه – و شاید نه همه واقعیت- یعنی طالبان و جریان افراط نشانه رود.
